张居正虽然从“庚戌之变”中认清了严嵩的本质，也从政治立场上与严嵩集团划清了界限，但他还是一如既往地与严嵩保持着良好的接触。逢年过节，甚至严嵩生日的时候，他还是会写祝贺的诗文，甚至在明知严、徐矛盾的情况下，也会很自然地提起自己与徐阶的交往。这既让严嵩保持了对自己的好感，也让严嵩错误地认为他与徐阶的关系并没有达到什么了不起的地步。

正因为这种不凡的气度与行动能力，徐阶也特别欣赏张居正，甚至是“深相期许”，所以他着力培养他，尤其是在与严嵩长期的较量过程中，把一些内幕与细节都经常告诉自己这个钟爱的学生。张居正后来在向万历帝汇报一些嘉靖朝重要的大事记的时候，曾经明确说过，徐阶的一些想法与内幕，“惟臣居正一人知之，诸臣皆不闻也”。（《张太岳集，奏疏十一，请乞优礼耆硕以光圣治疏》）

嘉靖三十六年（1557年），告病三年的张居正回到翰林院。这三年里，他经常跟辽王朱宪混在一起。朱宪，也经常拉着张居正去游山玩水、诗酒聚会。因为他是辽王，所以张居正也不能拒绝，有时候他甚至还得陪着这个纨绔子弟去一些花红柳绿的地方。朱宪以为把张居正指使的团团转的同时，却不知道正是这些交往，使张居正抓住他的把柄，为以后他的灾难埋下了祸根。

嘉靖三十七年三月，刑科给事中吴时来、刑部主事张翀和董传策同日上疏，弹劾严嵩。三人同日上疏，同样着重边防，很容易引起严嵩的猜疑。严嵩看见吴时来、张翀，都是徐阶的门生，董传策是徐阶的同乡，更加认定是徐阶的指使。于是进谗言，世宗不听，没有为难徐阶，只是将三人贬蒂。

嘉靖三十八年五月，徐阶晋吏部尚书。这是一个崇衔，因为实缺的吏部尚书还有吴鹏。三十九年徐阶再从少傅晋太子太师，就在这一年，居正从翰林院编修，升右春坊右中允，管国子监司业事。

到了嘉靖四十一年（1562年），严嵩还是首辅，徐阶已经是仅次于严嵩的内阁次辅。后来不久，张居正就在徐阶的推荐下，成为了实际上的太子裕王朱载垕的讲席官，与高拱等人一起成为下一任皇帝的老师，徐阶这个安排明显是为张居正的未来铺路，同样赏识张居正的严嵩也没有阻挠。

严嵩因为年龄大了，把权力都放给了他这个荒淫无耻的儿子，所以当时民间流传着“大丞相”和“小丞相”的说法，“小丞相”指的就是严世蕃。当时严氏父子把持着朝中官吏的任选、升迁。官无大小，皆有定价，不看官员的口碑、能力，一切都以官员的贿金为准。严

一次，严嵩的义子赵文华从江南回来，送给严世蕃的见面礼就是一顶价值连城的金丝帐，还给严世蕃的二十七个姬妾每人一个珠宝髻。就这些礼物，严世蕃还嫌太少，心里非常不满，可见他的贪婪到了何种程度。

严世蕃利用各种手段大肆搜刮，家财富可敌国。据说，严世蕃与妻子要将金银埋藏到地窖里，想起这都是仰仗他父亲得来的，于是就请严嵩来观赏，严嵩一见，数量之巨出乎想象，顿时目瞪口呆，隐约感到大祸将至。

严氏父子因其贪赃枉法早就被正直之士所痛恨，不断有人站出来弹劾他们。但是，因为明世宗的偏听偏信、严嵩的奸猾狡诈，这些弹劾不但都没有奏效，那些上章弹劾他们父子的人反而往往备受打击，丢官不说，有的还搭上了身家性命。

沈炼，曾作锦衣卫经历。嘉靖三十一年（1552），上疏弹劾严嵩“贪婪愚鄙”，历数其“受将帅之贿，边防弛备”、“受诸王馈赠，干预宗室事务”、“揽御史之权，败坏政纪”、“嫉贤妒能”等罪状。世宗不但未将严嵩治罪，还认为这是沈炼诋毁大臣，下诏将沈炼廷杖、谪官。严氏父子并不罢休，几年后，指使党羽寻机陷害，沈炼被斩，他的三个儿子，两个被打死，一个被发配到边疆。

嘉靖四十年春，俺答自河西踏冰人寇，七月犯宣府，九月犯居庸关。十一月俺答的侄儿吉能犯宁夏，进逼固原。十二月他的弟弟把都儿犯辽东盖州。这一年鞑靼的攻势虽不特别紧张，但是范围很广泛，正面的北方以外，东北和西北都受到他们的蹂躏。却给与张居正一个新的刺激。

嘉靖四十年十一月，西苑大火，世宗因为所住的永寿宫被毁，只得暂住玉熙殿。他看到地方又窄又小，和严嵩、徐阶计较。严嵩劝世宗仍还大内，不料触动了世宗无限的伤感。十九年以前，嘉靖二十一年十月的夜间，世宗宿在曹端妃宫里的时候，宫婢杨金英定谋，几乎把世宗勒死，幸亏方皇后来了，才把世宗救活。那时他在惊惶的中间，话都说不出来。方皇后传圣旨，把杨金英、曹端妃都杀了。世宗眼看端妃被杀，连申辩的机会也役有。端妃的冤枉，世宗是明白的，但是却怨不得救命的皇后。从此以后，他不再回宫了。

“那倒不必，”徐阶说，“最近重盖奉天殿、华盖殿、谨身殿，所余的材料很多，交给工部尚书雷礼，用不到很久，尽可重盖一座。”

 “就这样罢。”世宗高兴地说，一边加派徐阶的儿子徐璠为工部主事，负责督工。

嘉靖四十一年的春天，万寿宫盖好了，世宗住进以后，很得意，升徐阶为少师，兼食尚书俸，徐路也升太常少卿。从此的嵩的势力，逐渐地低落；徐阶的势力，便逐渐的高涨。

同时有一个蓝道士，叫蓝道行，扶得一手好鸾，深得嘉靖皇帝信任。一天皇上问乩仙，“天下为什么不治呢？”

他写下“贤不竟用，不肖不退耳！”

皇上吃了一惊，便问贤不肖是那几个。

乩仙判着，“贤如徐阶、杨博，不肖如嵩。”皇上又问“那么乩仙为什么不除他呢？”

乩盘上还是六个字，“留待皇帝自殛。”

于是嘉靖皇帝开始对严嵩父亲产生警觉，但御史邹应龙却又给严嵩一个严重的打击。

一天他做了一个梦。据说是在东风中，他带着随从出去打猎。远远地看见一座高山，他对准放了一箭，那箭飕飕地不知那里去了。加上一鞭，他骑着马迎着东风走去，当前又是一座山，可是小的多了。山旁一座楼，下面全是田。田里只看到一堆米，米上盖了草。感到非常奇怪。于是又射了一箭。只听到哗喇一声，象天塌下一样，米堆倒了！楼倒了，小山倒了，连带大山也倒了。这一场大乱，吓得应龙浑身大汗，原来是做了一个梦。

于是他应开始沉思。忽然醒悟： “山”字连到“高”字，正是严嵩的“嵩”！“好啊！”应龙拍着案，得到了新的启示。事情是容易了。东面的楼是“东楼”。他在桌上写一个“田”字，上面是“米”，“米”上加“艸”，明明是一个“蕃”字。他明白了，这一枝箭，不让它飕飕地落空，一定对准了射去。于是经过精心准备，搜集大量证据，开始弹劾严嵩父子。

嘉靖四十一年五月，严嵩彻的垮台。世宗一面降旨安慰严嵩，一面却叫他回籍休养；严世蕃交法司讯问，最后判决世蕃、严鹄、罗龙文，充军边远。

嘉靖四十二年，是一个多难的年代，福建、浙江的倭寇还是不断地进攻，幸亏刘显、俞大猷、戚继光几个名将，打了几次胜仗，把他们堵住了。北方的鞑靼，正月里在俺答领导下面，进攻宣府，南掠隆庆。十月把都儿和俺答的儿子辛爱，破墙子岭入寇，北京戒严，直到十一月解严，中间他们曾经大掠顺义、三河。嘉靖年间，北京经过几度戒严，这是最后的一度。

世宗还是没有忘情文物制度的事。正德十六年，他从安陆州入都即位。嘉靖十年，升安陆州为承天府，命文学侍从之臣，为《承天大志》。徐阶当国的时候，再修《承天大志》，大学士徐阶、袁炜，都是《承天大志》总裁。四十二年，徐阶荐张居正为副总裁。

嘉靖四十三年，御史林润再劾严世蕃，逮世蕃下狱。四十四年，林润上疏数世蕃父子罪，世宗发三法司审讯。严世蕃被御史林润捉拿后，给他定罪名成了一个难事。严世蕃得意地说，“任他燎原火，自有倒海水！”他的计划，认定自己的罪状，只要承认受贿的事，其余还不难洗刷，最好是要三法司上疏的时候，提到严嵩坑陷沈炼、杨继盛的事实。两人的被杀，固然是严嵩的策动，但是都取过圣旨。一经提到，世宗想到前事，必然发怒，这样一来，一切的判决都推翻了，世蕃不但会免罪，而且还有蒙恩的可能。计划好了，世蕃的党徒只是一味地数说，“啊，不好！要是三法司提起沈炼、杨继盛的前事，严世蕃没有活命了。”空气在北京城里激动，刑部尚书黄光升、左都御史张永明、大理寺卿张守直，果然中计，他们正要上疏，把严世蕃父子陷害沈炼等的罪状，痛快地数责一番。草稿起好了，三个人去拜访徐阶。

徐阶早知道了。“三位的疏稿，可以看得吗？”他说。

三位法司把疏稿递给徐阶。

徐阶只是说，“法家的断案，再好没有了，钦仰得很。”一边领着三人到内室里去。

 “诸位的意思，还是要严公子死呢？还是要他活？”徐阶问。

 “这是死罪，”三位都说，“当然要他死。”

 “那么，办这件案子，”他又问，“还是杀他，还是救他？”

 “在奏疏里，提到沈炼、杨继盛，正是给他死罪的根据。”他们都说。

 “话是不错，”徐阶慢吞吞地说着，“可是另外有一层道理。杀沈炼，杀杨继盛，诚然是犯了天下的众怒。但是沈炼攻击严嵩以后，严嵩把沈炼的名字，放在白莲教徒的供词中，只算杀了一个白莲教徒。这是圣旨。杨继盛，因为疏中‘召问裕、景二王’一句，严嵩认为‘诈传亲王令旨’，圣上大怒，传旨定罪，成为日后被杀的张本。这是皇上的特旨。皇上是最英明的，不会认错。三法司也确实把此罪列为头条，可是却被聪明的徐阶驳回。原来，严世蕃知道当年最终给杨、沈二人定罪的就是嘉靖皇帝，绝非是自己所为，而嘉靖却是一个有些刚愎自用且极爱面子的皇帝，看到这些罪名肯定不会批准的，因为一旦批准，就意味着嘉靖要承认自己的错误，这是嘉靖所不能容忍的。

这一次，大家愕然了。最后决定还是由徐阶主稿，于是，徐阶不提沈炼和杨继盛，只说世蕃“交通倭寇，潜谋叛逆”。换了另外三条罪名： 　　

首先严世蕃和罗龙文（严党之一，确系倭寇）是哥们，而罗龙文勾结倭寇，严世蕃也就与倭寇挂上了钩，他们聚集海匪，并企图里通外国，逃往日本。 　　

其次，严世蕃勾结江洋大盗，训练私人武装，图谋不轨。 　　

最后，他还占据土地修房子，而根据现场勘查，这是一块有王气的土地，严世蕃狗胆包天，竟然在上面盖楼，实在是罪大恶极。 　　

这正好击中嘉靖要害神经，因为嘉靖最痛恨的罪名正是“犯上”与“通倭”！三法司呈上罪名，严世蕃立即被定罪，与罗龙文同时被处死。

不久严嵩也抄了家，得银二百万两以外，在当时几乎和国家一年的总收入相等。有人称赞徐阶铲除大奸，徐阶蹙了眉头，慨然地说，“严惟中（嵩）杀夏公谨（言），惟中的儿子，又由我杀了，必然有人不会见谅，我的心境，只有上天知道罢。”严嵩的政权完全没落了，整个的政局，都在徐阶手里。